Обострение банковского кризиса в 1998 г. было спровоцировано не только предельно неблагоприятными макроэкономическими обстоятельствами, исключительно важную роль сыграли внутренние факторы, связанные с особенностями деятельности самих банков и низким качеством управления. В их числе — ориентация на спекулятивные источники дохода, высокая доля операций с ГКО и другими финансовыми инструментами, обеспечивающими быстрое получение прибыли; существенная зависимость от состояния бюджета; значительный объем невозвращенных кредитов; зависимость от крупных акционеров, являющихся одновременно клиентами банков и участниками их финансово-промышленных групп; возросшие риски привлечения средств, связанные с высокой долей иностранных кредитов и средств населения; высокие операционные издержки.

Качество управления в банковском бизнесе предполагает в первую очередь квалифицированное управление рисками, диверсификацию вложений и применение других правил, выработанных мировой банковской практикой. К этим правилам относится, в частности, соблюдение предельных размеров риска на одного заемщика, осторожное отношение к операциям с повышенной доходностью, проведение анализа и постоянного мониторинга изменяющейся конъюнктуры.
Кризис обнаружил неспособность многих банков решить проблемы прибыльного и безопасного вложения средств в условиях снижения инфляционных доходов, низкий уровень профессионализма, отсутствие продуманной инвестиционной политики. Он вскрыл противоречия функционирования банковской системы: несоответствие между источниками банковских ресурсов и их использованием, перекосы валютных компонентов активов и пассивов, противоречия между банковскими рисками и внутренними источниками их покрытия. Кризисные события отчетливо показали, что ликвидность отдельных банков и банковской системы в целом, не имеющая прочной воспроизводственной основы, не может поддерживаться только за счет операций на финансовом рынке.